Το Γενικό Νοσοκομείο Σάμου είναι μετεξέλιξη του Πολιτικού Νοσοκομείου Σάμου, το οποίο ιδρύθηκε από την Αυτόνομη Σαμιακή Κυβέρνηση με έρανο των απανταχού Σαμίων. Θεμελιώθηκε το 1875 και λειτούργησε σύμφωνα με τον αρ. 975 Σαμιακό Νόμο από το 1877 μέχρι την ένωση της Σάμου με την Ελλάδα το 1914. Η Γενική Διοίκηση Σάμου με το αρ. 406/1878 Διάταγμα κύρωσε το καταστατικό λειτουργίας του Νοσοκομείου. Η λειτουργία του Νοσοκομείου κράτησε μέχρι τις 17/9/1948. Με το διάταγμα 05/05/1948 και μετέπειτα με το Ν.2592/1953 λειτουργεί ως Γενικό Κρατικό Νοσοκομείο Σάμου.
Κατόπιν, με το Νόμο 1397/83 ορίστηκε ως Γενικό Νομαρχιακό Νοσοκομείο Σάμου και μετέπειτα με τον Ν. 3329/2005 μετατράπηκε σε Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (Ν.Π.Δ.Δ.) υπό την εποπτεία του Διοικητή της αντίστοιχης Υγειονομικής Περιφέρειας του Βορείου Αιγαίου.
Το 1994 ολοκληρώθηκε η κύρια επέκταση του Νοσοκομείου και το 2000 η διαρρύθμιση του παλιού κτιρίου. Οι παρεμβάσεις που έγιναν αφορούσαν στη λειτουργία νέων εξωτερικών ιατρείων, κλινικών, λειτουργία Μ.Τ.Ν. το 1998, λειτουργία Μ.Ε.Θ. το 2003 με δυο (2)κλίνες νοσηλείας.
Ο εξοπλισμός του Νοσοκομείου εκσυγχρονίστηκε με ακτινοδιαγνωστικά μηχανήματα (μαςτογράφος, αξονικός τομογράφος) και πρόσφατα εγκαταςτάθηκε παράρτημα ΕΚΑΒ στο Νοσοκομείο. Η αναμενόμενη αναμόρφωςη του κατατεθειμένου οργανισμού μας θα αναβαθμίσει τις παρεχόμενες υπηρεσίες υγείας σε συνδυασμό με τη προμήθεια νέου ιατροτεχνολογικού εξοπλισμού.